El proyecto inició por un convenio en conjunto con las fuerzas armadas de la nación, comenzó dentro del hospital militar el 27 de febrero del 2006, según el acta número 5 del 29 de mayo del 2006, con la resolución número 16/6 del consejo de universidades.
Posteriormente en el año 2008 nos trasladamos a una ubicación propia ubicada en Patricios y Guillermo Arias.
Para la carrera de medicina somos la sede central, porque somos los precursores de la carrera.
En el 2009, se lanzó la carrera de medicina en Presidente Franco, el siguiente año se formó la carrera de medicina en Ciudad del Este.
Inicialmente la carrera de medicina fue iniciada mediante un curso de nivelación, el primer llamado fue en agosto y el segundo en enero, iniciando en el año 2007, 2 cursos de 80 alumnos, de esos 2 cursos, egresaron 47 médicos como primera promoción, de los cuales muchos de ellos están ocupando lugares relevantes dentro del área de la medicina en el país.
También surtiendo efecto de la buena formación de nuestra universidad, egresados de la carrera ya están demostrando su capacidad como docentes dentro de la UPE Asunción.
La facultad de Ciencias de la Salud lleva el nombre del doctor Juan Manuel Riveros.
Prof. Dr. Juan Olegario Ortíz Villalba fue asistente de Juan Manuel Riveros en la catedra de anatomía, en la facultad de ciencias de la salud, como asistente se desempeñaba Elion Francia.
Palabras de Olegario:
No da gusto ser segundos, el estudiante de medicina y el medico no es un ser común, el buen profesor explica, el profesor superior demuestra, el gran profesor inspira, el estudiante de medicina debe distinguirse hasta en su forma de caminar.
Acreditación de la ANEAES
En un proceso de gestión para la excelencia académica, desde el 2012 al 2016, la UPE logró la acreditación de 4 carreras, por la Agencia Nacional de Evaluación y Acreditación de la Educación Superior, ANEAES. Las carreras de Derecho, Odontología y Arquitectura de la sede Presidente Franco cuentan con la acreditación de este órgano superior. En la sede de Ciudad del Este, está acreditada la carrera de Derecho. Esta acreditación otorga a la UPE un estatus de distinción y solidez en el campo académico superior. Asimismo, varias carreras están en proceso de acreditación por la ANEAES, en el este año 2017. Actualmente la UPE cuenta con 17 carreras de grado y 7 sedes: Ciudad Presidente Franco, Ciudad del Este, Asunción, Hernandarias, Minga Guazú, Santa Rita y Fernando de la Mora. Los esfuerzos institucionales de la UPE, en el campo de la educación superior, apuntan a los ámbitos cultural, científico, técnico, tecnológico, artístico y humanístico, teniendo como centro a la persona; en el marco de una proyección planificada y organizada, con fuerte inversión en infraestructura y tecnología